我所创立于1956年3月，当时名称为湖南细菌肥料厂；1964年1月更名为湖南微生物实验工场；1966年4月更名为长沙市微生物研究所；1973年7月更名为湖南省微生物研究所，划归省管；2013年5月更名为湖南省微生物研究院；2024年9月划归湖南省农业科学院，更名为湖南省微生物研究所。全所内设机构12个。其中管理部门6个，研究室3个，支撑体系设3个中心。现有在职职工149人，退休人员 214人。专业技术人员128人，其中博士24人，硕士54人，高级以上技术职称80人。

       我所承担农业微生物应用基础研究、技术开发、产品创制和技术服务；承担微生物菌种资源的采集、引进、保藏、共享、开发；为湖南农业生物产业发展提供建议与咨询；为湖南种植业、养殖业等行政业务部门提供技术支撑；承担农业微生物示范推广与技术普及、等公益服务；承担农业微生物科技成果转化、孵化；承担农业检测分析工作等。

       全所以科技发展助推乡村振兴为目标，确立了“拓宽研究领域，攻关重点课题”的科研布局，在土壤肥料与植物保护、动物营养与疫病防控、农业环境保护与资源利用、中试发酵工艺等领域以微生物特色为突破口,集中科研优势，开展农业关键、共性技术研究。

       先后取得科研成果100余项，其中获国家级、省部级科技进步奖的就有30项。如“杀虫细菌工业生产工艺研究”获国家科学大会奖，“白僵菌工厂化生产新工艺、新剂型及应用技术”获农业部科技进步二等奖。曾有多项全国首创：全国首家成功生产并推广紫云英根瘤菌肥料；全国首家成功生产推广井冈霉素和BT制剂；全国首家发酵生产畜用土霉素钙盐。